Miep hasst die Nazis und spricht auch offen darüber mit Otto Frank. Sie weigert sich, einer niederländischen Nazi-Bewegung für Frauen beizutreten. Daraufhin erklärt man ihren österreichischen Pass für ungültig und fordert sie auf, nach Österreich zurückzukehren, das bereits dem Deutschen Reich angeschlossen ist. Ihre einzige Chance besteht darin, rasch einen Niederländer zu heiraten. Es gelingt ihr: 1941 heiratet sie Jan Gies – und darf bleiben.

Jetzt wächst auch die Gefahr für Juden in den Niederlanden. Als Tochter Margot Frank aufgefordert wird, sich in einem Arbeitslager zu melden, beschließt ihr Vater, unterzutauchen. Er, seine Frau Edith und die Töchter Margot und Anne verstecken sich im Hinterhaus Prinsengracht 263. Ebenfalls im Versteck ist die Familie van Pels und der Zahnarzt Fritz Pfeffer. Im Vorderhaus bleibt der Opekta-Firmensitz.

Miep ist sofort bereit, den Untergetauchten zu helfen, auch wenn das für sie gefährlich werden kann. Zwei Jahre lang versorgt sie die Menschen im Versteck täglich mit Lebensmitteln und Zeitungen. Nachts hören sie heimlich BBC. Drei Freunde helfen ihr.
Anne Frank über Miep: „Sie schleppt sich ab wie ein Packesel. Fast jeden Tag treibt sie irgendwo Gemüse auf und bringt es in großen Einkaufstaschen auf dem Fahrrad mit“ und  „Sie ist es auch, die jeden Samstag fünf Bücher aus der Bibliothek bringt. Sehnsüchtig warten wir immer auf den Samstag, weil dann die Bücher kommen, wie kleine Kinder auf ein Geschenk.“

Irgendwer muss das Versteck verraten haben; beweisen konnte man es niemandem. Am Morgen des 4. August 1944 werden die acht Untergetauchten von der Gestapo verhaftet. Miep Gies ist ebenfalls anwesend. Sie wird nicht verhaftet, weil sie dem Kommissar Karl Josef Silberbauer erklärt, sie sei, wie er auch, aus Wien. Silberbauer meldet sie nicht, verbietet ihr aber zu fliehen. Miep versucht es später sogar noch mit Bestechung, um die Entlassung der Familien Frank und van Pels aus der Haft zu erreichen. Silberbauer weist den Bestechungsversuch zurück, er  sei „nicht in der Position, dies entscheiden zu dürfen“.
Die acht verratenen und entdeckten Juden werden kurz darauf in verschiedene Konzentrationslager gebracht. Sieben sterben dort, Anne und Margot Frank Anfang März 1945 in Bergen-Belsen. Nur der Vater überlebt. Miep Gies sichert das Tagebuch Annes, das bei der Verhaftung übersehen worden war. Nach dem Krieg kann sie es Otto Frank zurückgeben. Der veröffentlich das „Tagebuch der Anne Frank“ 1949. Es ist inzwischen in 70 Sprachen übersetzt und seit 2009 Weltdokumentenerbe der UNESCO.

Miep Gies, die Annes schriftstellerischen Nachlass gerettet hat, stirbt im Alter von 100 Jahren in Hoorn in den Niederlanden.